癲癎,基因體變異的種類與檢測

癲癎,基因體變異的種類與檢測 
高雄長庚神經內科 蔡孟翰醫師  
想提筆寫這篇文章已經一段時間了,一直抽不出時間,這次於前往2017美國人類遺傳學會的班機上,終於能靜下來把它完成,自從踏入癲癎基因這個領域,常常有病友或醫師同僚問我,那我該做什麼基因檢測才好,或是我做了檢測可是報告陰性,所以我的癲癎和基因無關嗎？ 要回答這個問題要從最根本,也就是基因體變異的種類開始了解,人類的基因體是由30億個鹼基(也就是ATCG其中一個密碼)所排列組成的,然後又分成23對染色體,每一對上面都有超過上百萬的鹼基,因此可以想像人類基因體突變可以從最小的一個鹼基到整個染色體都出問題,可以有不同的種類,所以能檢測的方法也就大不相同 我們先從最大的染色體異常開始說起,大的染色體異常例如唐氏症,環染色體20或Angleman症候群其大小超過500萬個鹼基,用最傳統的染色體檢查(karyotyping)就可以發現 小ㄧ點的染色體異常,如15q13.3的缺失大約150萬個鹼基,其中包括6個基因都缺失,約在1%全面性癲癎的病人身上發現,這類缺失就無法被傳統染色體檢查發現,必須用到chromosome microarray,又可以分為兩種:SNP microarray或是arrayCGH,在台灣常被稱做”全基因體掃描”,要注意不要和”全基因體定序”搞混了,這兩個是截然不同的技術,chromosome microarray 是用來看小的染色體異常,對於點突變(也就是單一鹼基的突變)是沒有辦法偵測到的喔! 常見和癲癎有關的染色體異常還有15q11.2和16p13.11缺失. 接下來就是次世代定序技術了,在臨床上又可以分為三種應用:全基因體定序,全外顯子定序,多基因組套,全基因體定序故名思義就是將30億個鹼基都定序出來,全外顯子定序則是只有將人類所有兩萬個基因的最重要的部分定序出來,這只佔所有基因體的1%,多基因組套則是將約幾十個到幾百個跟某個疾病相關的基因定序出來,可想而知越完整的檢測方式價錢就越高,要注意的是目前次世代定序技術的分析仍在發展階段,因此有少部分基因體變異有可能仍偵測不出來,這是在應用這些新科技要注意的地方 至於到底該選擇哪一種檢測方式,其實沒有固定的答案,目前在台灣皆為自費項目,最好的方式還是和癲癎遺傳專家討論,根據臨床症狀和經濟因素做最合理的選擇

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