Genomic Bioinformatic Tools

Genomic Bioinformatic Tools

## Annotation Tools
http://wannovar.usc.edu/

## Mitochondrial Genome Tools
http://genome.igib.res.in/mitomatic/
https://mseqdr.org/mtoolbox.php
https://mtdna-server.uibk.ac.at/index.html

** SNPs&GO (http://snps.biofold.org/snps-and-go//snps-and-go.html)
Amino Acid Substitution Prediction, using GO information

*** FATHMM (http://fathmm.biovompute.org.uk)
Using hidden Markov models to predict, also has tissue specific weighted model

* MutPred (http://mutpred.mutdb.org/)
Amino Acid  Prediction, using wild type amino acid and substitution position

*PROTTER (http://wlab.ethz.ch/protter/start/)

Statistics&Epidemiology
OpenEpi
http://www.openepi.com/Menu/OE_Menu.htm


留言

張貼留言

這個網誌中的熱門文章

陣發性動作誘發型異動症和良性家族型幼兒期癲癇:一體兩面的PRRT2基因突變

陣發性動作誘發型異動症(Paroxysmal Kinesigenic Dyskinesia, PKD)和良性家族型幼兒期癲癇(Benign familial infantile epilepsy, BFIE):一體 多 面的PRRT2基因突變 高雄長庚神經內科 主治醫師 蔡孟翰 良性家族型幼兒期癲癇(Benign familial infantile epilepsy, BFIE)和陣發性動作誘發型異動症(Paroxysmal Kinesigenic Dyskinesia, PKD)是兩個不同的神經疾病,乍聽之下好像是完全不同的兩個疾病,但是近年來的基因研究卻有意想不到的連結 陣發性動作誘發型異動症(Paroxysmal Kinesigenic Dyskinesia, PKD) 的病人會以一陣陣突發性的不自主運動表現,最大的特徵是這些不自主運動會被突然的動作誘發,例如突然起身,或受到突然驚嚇等等,通常是在兒童期至青春期開始產生,因此在學業和同學相處可能會產生問題,導致畏縮缺乏自信 產生的不自主運動通常很短暫(不到一分鐘),發作時意識清楚,可以是短暫的抽搐,奇怪的姿勢(肌張力不全),類似舞蹈的動作,很多病人也有類似預兆的感覺,因此常會停下來或是坐下來等發作過去,發作可以一次或雙側,有部分病人可以有家族史,腦波檢查以及磁振造影也多是正常的 良性家族型幼兒期癲癇(Benign familial infantile epilepsy, BFIE) 則好發於約六個月大小的嬰兒,而在兩歲以前會停止,癲癇發作以一陣叢發性的局部發作或抽搐型發作為主,腦波和磁振造影常也是正常的 有趣的是有部分良性家族型幼兒期癲癇的家族成員研究發現,有些家族成員小時候沒有癲癇但是長大後有陣發性動作誘發型異動症,另外也有病人小時候有幼兒期癲癇長大後變成陣發性運動誘發型異動症,因此便有學者懷疑這兩個病會不會有關係 另外,巧合的是 陣發性動作誘發型異動症的治療也是使用低劑量的抗癲癇藥,因此和其致病機轉可能和癲癇很像都是腦部異常放電或過度興奮造成的,但是實際上PRRT2的真正的致病機轉則不明,研究者現在知道PRRT2位於突觸前的細胞膜上,並且會和突觸小泡的蛋白質SNAP25結合,所以可能和神經傳導物質的是放有關,進一步澄清其作用方式可能有助於發展新的抗癲癇藥物 2013年,中國的
閱讀完整內容

SCN2A 癲癇性腦病變

SCN2A 癲癇腦病變 高雄長庚神經內科 蔡孟翰醫師 SCN2A 基因最早是由澳洲的研究團隊 (2002 Lancet) 在家族性 BFNIS 症候群上發現和癲癇有關係 , 也就是良性家族性新生兒至嬰兒期抽搐 , 簡言之就是家裡有好幾個小寶寶在一到六個月大的期間會出現一些手腳抽搐 , 但大多為良性的 , 認知功能沒有受到影響 , 過了這段時間就好了 , 長大也沒有再有癲癇發作的情形 , 但是我們臨床上的經驗 , 因為 SCN2A 導致 BFNIS 的病人其實極為少見 , 因為 PRRT2, KCNQ2 或是 SCN8A 突變引起的家族性嬰兒期抽搐更為常見一點 ( 可以參考 PRRT2 這篇文章    https://neurodnabrain.blogspot.com/2015/01/prrt2.html ) 但是後來 , 隨著次世代定序的普及 , 在 2010 年後陸陸續續發現 SCN2A 也會造成自閉症 , 智能障礙甚至精神疾病 , 造成這些疾病的 SCN2A 突變大多為新發生的 ( 父母沒有 ), 而且比較常是造成蛋白質斷掉的突變 (truncating mutation). 但是最嚴重的是合併有嬰兒期點頭筋攣 (Infantile spasm) 進展到癲癇腦病變 (Epilpetic Encephalopathy), 臨床上和過去的 West 症候群或是大田原 (Ohtahara) 症候群很相似 , 除了癲癇之外 ,SCN2A 突變的病人也被發現常常會出現動作障礙 ( 也就是不由自主地抽動或是陣發性運動失調 ) SCN2A 負責鈉離子通道 alpha 次單位 , 和 SCN1A 很類似 , 除了上述的 Truncating 突變比較常見於自閉症 / 智能障礙及精神疾病 , 大部分造成癲癇的 SCN2A 突變的都是點突變 Missense, 只造成蛋白質上的一個胺基酸的改變 , 為何小小一個胺基酸的改變會造成這麼嚴重的臨床症狀 , 目前還沒有很好的解釋 , 最近一篇研究 ( Ben-Shalom etl al. 2017) 發現造成癲癇的 SCN2A 多半是造成鈉離子通道功能過強 ”Gain of function”, 而造成自閉症 / 智能障礙及精神疾病則是造成功能缺乏 , 因此雖然是同一個基因 , 可是造成的結果不
閱讀完整內容

雙層皮質症候群 (Double Cortex Syndrome)

基因型癲癇系列:雙層皮質症候群 高雄長庚神經內科 癲癇基因研究計畫 腦功能暨癲癇科 蔡孟翰醫師 雙層皮質症候群又叫皮質下帶狀灰質異位症,顧名思義就是說病人會有兩層皮質,正常的人大腦只會有一層皮質,形成兩皮質的原因是因為大腦在胚胎發育的過程,神經細胞會從腦的中央稱為腦室的部分移動到大腦表面也就是現在皮質的位置,如果這個過程有問題,就會出現兩層皮質,而這個移動過程便是由基因來掌控的,其中一個負責的基因叫做 DCX ,製造的蛋白質叫做 doublecortin,這個蛋白質會和 microtubule 結合,因此和細胞的移動有關係 這種病人除了會有腦部發育異常,也會有癲癇,另外一個特色是X染色體遺傳,得病的女生會有雙層皮質,男生則會更嚴重有平腦的現象,也就是說腦部的腦迴幾乎都消失,呈現皮滑的表面 我們最近發現一個台灣的家族,待有DCX點突變引起的癲癇,經過我們和美國西雅圖華盛頓大學的研究團隊合作,發現是來自於待有突變的外祖母,但因為外祖母的突變量很少(8%),所以並沒有發病. 除了DCX以外,其他基因包括: PAFAH1B1, TUBA1A, TUBA8, TUBB2B, TUBB3 都會造成類似的疾病 如果你對家族性或基因型癲癇的診斷或研究有興趣 歡迎聯絡 高雄長庚神經內科 癲癇基因研究計畫主持人 蔡孟翰醫師 相關連結: http://pansci.asia/archives/20665
閱讀完整內容